El argumento para la investigación abierta en tiempos de COVID-19

Publicado 19-05-2020 en

Descubra cómo protocols.io y Code Ocean están ayudando a los investigadores a colaborar durante la pandemia COVID-19 a través de una investigación abierta.

La mayoría de las disciplinas de investigación, independientemente de si se trata de STEM o ciencias sociales, consisten en un enfoque común: adoptar una metodología o enfoque específico, aplicar cálculos para analizar los datos que se recopilan para obtener información sobre un nuevo tema y sacar conclusiones. La forma en que estos enfoques y análisis se registran y se ponen a disposición es fundamental para evaluar, reproducir y comprender completamente la investigación, los datos e ideas resultantes.

Cuando la investigación se financia con fondos públicos, existe un argumento sólido sobre lo que se produce esté disponible en acceso abierto y la necesidad de una investigación abierta gana claridad y enfoque durante una crisis de salud pública global. Los profesionales de salud de todo el mundo necesitan y deben tener, acceso a cualquier nuevo enfoque de diagnóstico científico, lo más rápido posible. Las herramientas computacionales emergentes y confiables para modelar la epidemiología de la enfermedad, los enfoques para el pronóstico del aprendizaje automático utilizando características clínicas, deben estar disponibles para su reutilización inmediata por otros.

Se ha elogiado una colaboración científica mundial a medida que los investigadores se unen para realizar investigaciones durante la pandemia. El artículo del New York Times, “Covid-19 Changed How the World Does Science, Together” señaló:

“Mientras los líderes políticos han cerrado sus fronteras, los investigadores han estado rompiendo las suyas, creando una colaboración global como ninguna en la historia. Nunca antes, dicen los investigadores, tantos expertos en tantos países se concentraron simultáneamente en un solo tema y con tanta urgencia. Casi todas las demás investigaciones se han detenido ”.

Muchos financiadores y organizaciones de salud exigen que se abran los enfoques y resultados de investigación. Las impresiones preliminares han ofrecido una solución, y su valor durante este tiempo difícil ha sido evidente en el gran volumen de contenido relacionado con COVID-19 que aparece en línea. Por ejemplo, esta colección de preimpresiones COVID-19 SARS-CoV-2 en medRxiv y bioRxiv tiene más de 1900 manuscritos.

Ahora, protocols.io y Code Ocean están trabajando para garantizar que esos enfoques de investigación permanezcan abiertos. Estas herramientas en línea de acceso abierto son repositorios ideales para todos los enfoques metodológicos y de protocolo, así como el proceso y el código computacional. Las herramientas de investigación colaborativa en línea son útiles para los investigadores que tienen restricciones sobre cómo pueden trabajar y colaborar. Para aquellos en la primera línea que realizan investigaciones científicas, estas herramientas sirven como una forma ideal de compartir sus ideas y enfoques.

Es así que protocols.io y Code Ocean están apoyando a la comunidad de investigación durante este tiempo sin precedentes:

protocols.io

Una comunidad dedicada a los métodos abiertos en protocols.io

Cuando los métodos y protocolos relacionados con el virus SARS-CoV2 y COVID-19 comenzaron a aparecer en protocols.io a principios de este año, el equipo de protocols.io rápidamente se dio cuenta del valor de crear la “Coronavirus Method Development Community”, un espacio de trabajo compartido para los nuevos protocolos relacionados con el virus. Esta comunidad abierta, que crece a un ritmo increíblemente rápido en protocols.io, ya cuenta con más de 300 miembros y crece diariamente. .

En la Comunidad de Desarrollo del Método Coronavirus, muchos miembros están activos, añadiendo comentarios a protocolos ya publicados o comenzando sus propios hilos de discusión. Los protocolos son muchos y variados, desde enfoques de PCR de diagnóstico clínico COVID-19, ensayos de placa viral, métodos para cultivar SARS-CoV-2 y protocolos de secuenciación de Coronavirus (algunos de los cuales se adaptaron como nuevas versiones ‘bifurcadas’ de protocolos de secuenciación de Ébola que ya estaban disponibles en protocols.io). Otros protocolos incluyen ideas para la construcción de máscaras, cómo imprimir en 3D equipos de protección personal y las formulaciones recomendadas para el lavado de manos de la Organización Mundial de la Salud.

Cuando se le preguntó al virólogo de salud pública Ian MacKay, miembro de la comunidad abierta protocols.io acerca del uso de los protocols.io durante la crisis actual , señaló lo siguiente:

protocols.io permite poner rápidamente nuestros métodos probados en una plataforma de acceso abierto. Permitió la curación continua del protocolo, y nos proporcionó una plataforma para una mayor discusión con la capacidad de profundizar en lo esencial del protocolo con otros usuarios, si fuera necesario. Utilizamos protocols.io para nuestros métodos de PCR SARS-CoV-2 tan pronto como pudimos.Queríamos que aquellos que no tuvieran acceso a la experiencia en el diseño, optimización y validación de ensayos pudieran beneficiarse de nuestro trabajo. protocolos.io proporciona un compañerismo global que es muy necesario en momentos como éste”.

Soporte editorial de protocols.io

Esta comunidad motivada protocols.io ha estado trabajando detrás de escena para crecer y activar a su equipo de editores para apoyar a los investigadores ofreciendo importar y verificar protocolos relacionados con el coronavirus en la comunidad abierta, y luego asignar el protocolo nuevamente a la persona de contacto apropiada.

Code Ocean

Desde el brote de COVID-19, el equipo de Code Ocean ha anunciado computación y almacenamiento ilimitados en la nube para proyectos relacionados con COVID-19. El objetivo de Code Ocean siempre ha sido ayudar a acelerar el ritmo de la investigación al proporcionar a los investigadores una mejor manera de desarrollar, colaborar y compartir código y datos. La ciencia se basa en transparencia, replicación y colaboración. Code Ocean actualmente apoya a los investigadores que trabajan en COVID-19 en las siguientes dos áreas:

Difusión rápida de resultados de investigación interactivos y abiertos

Code Ocean proporciona acceso a través del navegador a cápsulas de cómputo, registros permanentes de entornos informáticos preconstruidos que contienen todo el software, código, datos y resultados de un proyecto. Las cápsulas informáticas permiten a los investigadores inspeccionar e interactuar instantáneamente con el trabajo publicado, así como actualizar dinámicamente nuevos códigos o conjuntos de datos para explorar nuevas posibilidades basadas en investigaciones existentes.

Una cápsula informática reciente que acompaña a una preimpresión medRxiv del Global Policy Lab de la Universidad de California, Berkeley, es un ejemplo de la respuesta de investigación rápida y abierta a COVID-19. Hsiang y col. evaluaron el efecto de las políticas anti-contagio a gran escala en la pandemia de COVID-19. El análisis incluye 49 paquetes y códigos en Python, R y Stata, y conjuntos de datos epidemiológicos públicos de 6 países, todos en acceso abierto y totalmente reproducibles. El estudio concluye:

“Estimamos que, hasta la fecha, las políticas actuales ya han prevenido o retrasado el orden de ochenta millones de infecciones.Estas conclusiones pueden ayudar a determinar si las políticas en curso deben levantarse o intensificarse, o cuándo, y pueden servir de apoyo para la adopción de decisiones en los más de 150 países en los que se ha detectado la presencia de COVID-19 pero que aún no han alcanzado altas tasas de infección”.

Como afirman los autores en la cápsula:

La forma más fácil de interactuar con nuestro código y datos es a través de esta cápsula de Code Ocean, porque toda la configuración relevante descrita a continuación se ha hecho para usted”.

Cuando se publica un proyecto de investigación en una cápsula informática, los investigadores interesados ​​en el trabajo pueden volver a ejecutar directamente el análisis de forma interactiva en un banco de trabajo computacional incorporado, que incluye una interfaz de línea de comandos, JupyterLab / Notebook, RStudio y Shiny en instancias de nube con unos pocos clics en Code Ocean. Alternativamente, los investigadores también pueden exportar la cápsula completa y reconstruir el proyecto (usando una imagen Docker) en sus propios dispositivos sin una cuenta de Code Ocean.

Todas las cápsulas conservan los datos utilizados en el análisis, incluso si estos datos se eliminan de la ubicación pública original en el futuro. Algunas cápsulas, incluido el ejemplo de Hsiang , también permite a los usuarios actualizar dinámicamente el análisis con nuevos datos a medida que se publican.

Ya sea en el navegador o reconstruido localmente, las cápsulas informáticas interactivas pueden reducir la barrera para examinar y ampliar los nuevos hallazgos de la investigación, lo que podría acortar los ciclos de toma de decisiones y ayudar con políticas urgentes.

Acceso conveniente a entornos de computación en la nube preconfigurados

En países, instituciones o laboratorios que experimentan interrupciones o no tienen acceso a la infraestructura informática de investigación, Code Ocean proporciona una solución basada en la web a la que se puede acceder solo con una computadora portátil e Internet. Los algoritmos, simulaciones y análisis en diferentes lenguajes de programación pueden compartirse fácilmente y agregarse múltiples colaboradores, lo que permite a los equipos continuar las actividades de investigación a distancia.

Una dificultad con las colaboraciones internas y externas es la incorporación de colaboradores. Con Code Ocean, los equipos no tienen que pasar tiempo configurando entornos computacionales. En cambio, los nuevos miembros del equipo con diferentes niveles de experiencia técnica pueden comenzar de inmediato en el mismo entorno computacional.

Para una enfermedad compleja como COVID-19, lleva tiempo reunir las diversas piezas del rompecabezas de investigadores de todo el mundo. Desafortunadamente, estamos en una carrera contra el tiempo para comprender mejor la patología, la genética que sustenta la enfermedad y la mejor manera de controlar y tratar, o vacunar contra COVID-19. Los investigadores deben aprovechar las herramientas que ya existen para apoyar y acelerar su capacidad de progresar en estos esfuerzos vitales.

La combinación de Code Ocean y protocols.io, junto con otras herramientas abiertas, puede acortar significativamente el ciclo para difundir cada avance y hacer que los esfuerzos y conocimientos resultantes sean reproducibles. Estas herramientas reducen las iteraciones necesarias para confirmar y aprovechar los resultados, ya sean publicados oficialmente o preimpresos, y reducen el esfuerzo requerido para validar los métodos existentes o emergentes. Aprovechar al máximo el poder combinado que ofrecen las herramientas de infraestructura de investigación que respaldan y capturan el desarrollo y la difusión de procesos de investigación computacionales y / o experimentales, y facilitan la investigación sobre la que se construye, acelerará el ritmo general del descubrimiento científico.

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